与好氧细菌同时在水族箱中起分解氮化合物的还有一种细菌为厌氧细菌，之所以称之为厌氧细菌，并不是说它在没有氧的环境下能存活，而是与好氧细菌相比，相对的对氧依赖甚少，亦或厌居高氧环境。
同样相对培养好氧细菌来说，培养厌氧细菌要困难些，具体方法为：在水族箱底部架上至少1英寸高的格子，再在其上安一张有1公分见方眼孔的网，铺上2英寸厚的粗糙碎石，之上再铺上2英寸的沙子。
最后，在安装水泵（数量因水族箱大小而定），让水泵透过沙石层直接从最底部向上抽水，形成一个缸内循环系统。这个过滤方法应该让大家明白水族箱的过滤系统的真正用途和原理。
我们在实践中，在为客户的建缸中经常采用该方案，终结的经验是，这应做为一个辅助过滤系统，你的主过滤系统不能减小，更不能舍弃。
因为这种过滤方法虽能起到一定作用，但不可能解决根本问题，它能帮助解决厌氧细菌培养繁殖问题，但对主要需要的好氧细菌的解决却不如滴流式等暴露与空气中的过滤系统。
