另一个值得说明的是，在实践中我们发现这种过滤方法的不足之处，就是维护清理非常困难和不易，时间一长底沙中吸附大量的有机杂质（鱼粪类，饵料等）便黑，水泵时常因沙石堵塞而影响正常工作。
它的作用是，由于是植物所以它就会吸收水中的氮化合物等有机营养成分及许多重金属成分，促进水族箱过滤效率的提高。许多养过淡水草的朋友一定知道。
有意思的是一旦海藻在您的缸中适应站稳脚根后，就会在你不经意当中大面积的繁殖起来，物极必反，如果在水族箱内，当海藻大量繁殖生长起来，数量过多时就会影响水质，吸走二氧化碳释放氧气，破坏了构成水质的平衡。
另外大面积的海藻如不控制，会很快的占有珊瑚的生存空间，干扰至珊瑚死去。我们的大型水族箱采用了外置藻类过滤系统，方法是在外置主过滤系统后接续一个水族箱，里面放置沙石，水族箱上安放植物照明灯，将海藻植入。
虽说不能检测到他作用的结果，但我们知道，看到海藻的蓬勃生长，它一定会吸收大量的剩余硝酸盐和磷酸盐，不仅会起到净化水质的作用，还能与其它我们不需要的藻类竞争，抑制及控制住有害藻类的衍生。
上诉的三种过滤方法以生物过滤最为重要，因此，在整个过滤系统投资中，生物过滤应占有第一位.
