“大理寺卿”也就成了一种官名，隋朝以后历代沿用。大多数朝代都规定，大理寺判决的案件，须报刑部审批。
明、清两代重大案件又实行了大理寺、刑部、都察院会审的制度，俗称“三法司”断案。
决狱之权虽在刑部，如大理寺不同意，仍要上奏皇帝再行裁决。清光绪二十四年(公元1898)，曾把大理寺并入刑部，不久又分开仍称大理寺。
针对有人常把“大理寺”误为僧人居住之地的情况，光绪三十二年（公元1906)遂改称为“大理院”。
这一名称一直使用到北洋政府时期，才算最终消失。
大理寺卿官秩，隋初为正三品，隋炀帝改从三品，唐同。明、清均正三品。可参与朝廷大政会议。
明朝洪武二十四年（1391年）六月，大理寺丞周志清提升为卿，又说：“大理之卿，即古之廷尉，历代任斯职者，独汉称张释之、于定国，唐称戴胄。”
大理寺多植棘，故亦称为“棘寺”。
