建文帝也毫不落后，先策反了燕王府官员葛诚，成为自己耳目，继而以防备蒙古为名，派亲信将领张芮驻北平北面的开平，遣谢贵为北平指挥使，接掌北平军权，里里外外对朱棣形成夹击之势。
建文元年三月，朱棣入京朝见，有大臣建议建文帝借故将朱棣捉拿，未被允准，继而建文帝派宋忠率精兵三万驻开平，五月，朱棣派两个儿子朱高炽，朱高煦入京朝见，又有大臣“旧话从提”，要建文帝扣押两皇子以挟持朱棣，再被拒绝。
最终放虎归山，归家后，为掩人耳目，朱棣开始“装疯”，成日疯疯癫癫，做病入膏肓状。
七月，在得到葛诚密报朱棣已然筹谋起兵后，建文帝终下决心，命北平指挥使张信逮捕朱棣，谁知张信火线倒戈，向朱棣告密，朱棣果断行动，先诛杀建文帝派在身边的眼线葛诚，继而火速举兵，杀死建文帝驻北平亲信张芮，谢贵，控制北平城，继而杀退驻开平的宋忠的三万精兵，正式举起了“造反”大旗。
今人对这段“削藩”过程颇多非议，认为既然削藩的主要对象是燕王朱棣，就该从一开始直捣黄龙，先将朱棣削藩，而照黄子澄的方式，实为“先易后难”，到头来朱棣毫发未损，各藩国却被“得罪光”。
这个此时捷报频传的过程，素来被看做建文帝的败笔之一。
而在这之间，两次可以拘捕朱棣的机会皆被他放过，更令后人指摘不已，称之为“天予不取，必受其咎。”
但仔细观其过程，朱棣两次觐见，第一次是诸藩王人心惶惶时，恰如齐泰所言：“擅扣燕王，恐激诸藩众怒”。
第二次朱棣两皇子觐见时，黄子澄谏道“放归二子，以德化感燕王，可成陛下美名。”
在轻易不愿酿成兵灾的建文帝眼里，这必然成为他的第一选择。
而说到“先易后难”的削藩选择，对于行事力求稳妥的建文帝来说，也是必然会采纳的。
但对照之前的汉朝“七国之乱”，以及后世的清朝“三藩之乱”，我们不难看到建文帝的最大“错处”。
三次“削藩”，共同的道理只有一句话：削亦反，不削亦反。既是无可回避的战争，最重要的自然是战争准备，而这，恰是建文帝，及其“师傅”们最大的疏漏。
直到战争打响后，建文帝还反复告诫前线诸将，不要伤害朱棣，原因是“勿使朕有杀叔之名”。实在是让人哭笑不得。
三、长兴侯耿炳文
明建文元年(公元1399年7月)，燕王朱棣在北平举兵造反，以“清君侧”为口号，拉响了持续三年的“靖难之役”的大幕。
大战骤起，朱棣先声夺人，先败宋忠的三万精兵，继而连克云中，开平，怀来，上谷，永平，皆是建文帝事先安排的牵制朱棣的“防区”，此时尽皆攻克，如雷轰顶的建文帝，也迅速做出了反应，派出了以长兴侯耿炳文率领的三十万“中央军”，出师讨伐。
由此牵出了朱元璋为建文帝做的最后一个苦心安排——长兴侯耿炳文。
耿炳文，凤阳人，淮西旧将的老班底，大明开国功臣，靖难之役爆发时，时年六十五岁，可谓久经沙场。在漫长的三年靖难之役中，他留给历史的只有短短一瞬，但他却一度是最有可能改写朱允炆命运的人。
之所以这样说，还是由于他的作战特点---擅守。
朱元璋争天下时，他曾受命镇守江苏长兴达十年，其间数次以少胜多，击败朱元璋劲敌张士诚的疯狂进攻。也因战功为封为长兴侯。
在朱元璋麾下的各路英杰，乃至彼时中国的将领中，他是最擅打防御战的人，他不仅防御经验丰富，且军事思想卓越，其提出的“以战车克胡骑”的作战思路，在明朝中后期被戚继光，俞大猷，孙承宗等人发扬光大，成为明军的主战法。
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