然而历史却在此时再次露出了他的黑色幽默，得知明军连捷后，“大儒”方孝孺担心“京城兵力单薄”，劝说建文帝回兵守卫京城，建文帝再次做出了错误的选择。
一纸调令，淝河一线“中央军”尽撤，只留平安一支人马与朱棣周旋，而此时，背水一搏的朱棣发动了最后一次决死的攻击，结果平安部大溃，平安本人被俘，而撤退的“中央军”，也被朱棣发动“骑兵的机动性”，于沿途尽数消灭。
一纸调令，终亲手毁掉了建文帝最后的“嫡系部队”。然而就是朱棣节节胜利，连下蚌埠，泗州，扬州，兵临京城下，建文帝慌忙令群臣出外“募兵”。并向“恩师”方孝孺继续问计，这位帮了无数次倒忙的“大儒”吭哧半天，终蹦出一句：“长江自古天险，京城坚固，可挡百万兵”。
但这次方孝孺说的是实话，京城尚有几万残兵，出战虽不能，据城防御却尚可。外出求救的齐泰，黄子澄也初见成效，几支“勤王”兵正火速赶来。这是建文帝最后的机会---坚守待援，成败的关键，是守住京城。而建文帝也坚定了这一选择，他拒绝了群臣要求“迁都”的建议，下令整治城防，准备决战。
防御的重任，却交给了一个最不该交给的人---李景隆。建文四年六月十三日(1403年)，李景隆勾结朱棣，打开城门，燕军兵不血刃破城。走投无路的建文帝在皇宫里焚起一把大火，然后不知所终---这是他一生里犯下的最后一个错误，却是最无可挽救的错误。
来龙去脉讲完，或可对建文帝有一个综合的评价。
他勤政爱民，宽厚仁慈，友爱亲族，施行仁政，在位四年除“靖难之役”外，所作的一切似乎都符合“仁君”的标准。
他所创立的制度，许多也为后世明朝帝君所延续，也似有远见卓识。
有关他的失败，后人更多的归结为方孝孺，黄子澄，齐泰三位大臣“腐儒误国”，可细细盘点，削藩之时，瞻前顾后，犹豫不决，自失良机，大战初起，发“勿让朕有杀叔之名”的圣谕，贻笑大方，初战失利，不由分说撤换了彼时中国最杰出的“防御战专家”耿炳文，启用毫无作战经验的“花花公子”李景隆，战场局面转机时，却误信人言，发圣旨“瞎指挥”，断送大好战局，兵临城下时，再次用人不当，最终彻底败亡。
观这个素来被认为“可怜”的皇帝，累累昏招，却正见其“可悲”之处。
而与他英年早逝的父亲朱标相比，“宽仁孝友”“礼贤尊儒”，确实“形似”，治国经验匮乏，缺少理政经验，这是年龄造成的差距，也可在实际中锤炼。
最最缺乏的，恐怕就是朱标“外柔内刚”的本性，大是大非面前敢坚持，外面宽柔，内心果敢的朱标，是败亡的朱允炆未曾学会的，步步昏招，实则来自于此。
而这，恰是作为一个“圣君”，最应有的素质。
恰如海外华人学者黄仁宇对建文帝的评价：即使没有那场战乱(靖难之役)，朱允炆也注定不是一个好皇帝。
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