以先剪两翼、后捣腹心、剿抚兼施、重用汉将等战略措施，用兵近40万，历时八年，平定叛乱。其间，遣军击败参与三藩之乱的台湾延平王郑经（郑成功之子）在闽、浙、粤沿海的袭扰。
二十年，闻郑经卒、其次子郑克塽继立后政局不稳，决定乘机谋复台湾，复授施琅为福建水师提督，与福建总督姚启圣共同修造战船，操练水师，整军备战。次年三月，以沙俄军侵占雅克萨等黑龙江流域的中国领土，东巡松花江一带防务。
后遣副都统郎坦、彭春赴雅克萨侦察沙俄军侵边情势，令宁古塔将军巴海和副都统萨布素率兵赴中国瑷珲（亦称旧瑷珲，今在俄罗斯境，位于结雅河以南黑龙江东岸）和呼玛尔（今黑龙江呼玛南）两地筑城驻防。六月，为防将领互相掣肘，允施琅自请率水师取台湾。
二十二年，施琅率水师2万余、战船200余艘，进行澎湖海战，全歼澎湖守军，迫郑克塽以台湾降。遂采纳施琅建议，令于台湾设立一府三县隶属福建省，并遣兵驻守。
是年，为增强汉军攻击力，诏令每旗设火器营。 二十四年，悉沙俄军一再入侵雅克萨，命彭春、萨布素率水陆军前往反击，迫其撤往尼布楚。二十五年，命萨布素会同郎坦率兵再击复据雅克萨的沙俄军，毙其统领托尔布津，进战告捷。
旋令筑垒围城，断敌供给，遏其援师，迫沙俄政府遣使请和。二十六年，诏令火器制造家戴梓监造“子母炮”（即冲天炮），封此炮为“威远将军”。二十八年，遣索额图、郎坦、萨布素等七名使臣与沙俄使臣戈洛文谈判，签订《中俄尼布楚条约》，划定中俄东段边界。命增设八旗火器营，由副都统率领。
诏定每年九月初一，八旗各选大-炮10门至北京卢沟桥演放，遂成定制。 二十九年，以准噶尔部首领噶尔丹举兵南扰，决定亲征。命福全为抚远大将军，率左路军出古北口（今北京密云东北）；常宁为安北大将军，率右路军出喜峰口（今河北宽城西南）。
自率禁旅进驻博洛和屯（今内蒙古正蓝旗南），督军在乌兰布通之战中击破噶尔丹所设“驼城”（亦称“驼阵”，以骆驼缚足卧地组成的环形防御阵地），获大捷。鉴于诸军部伍缺乏训练伤亡甚重，遂令八旗官兵于春秋两季，集于平原之野，排列阵势，鸣金鼓进退，以熟练阵法。
