三十五年，率兵约10万第二次亲征噶尔丹，分三路出击，自率中路出独石口（今河北赤城北）而北，与诸路军约期夹攻。途中亲授作战方略，由内大臣绘成阵图后发各路遵行。密谕西路抚远大将军费扬古设伏袭击，在昭莫多之战中再败噶尔丹。三十六年，第三次亲征，进驻宁夏（今银川），遣兵两路追击，噶尔丹势穷服毒自尽（一说暴病卒）。
五十四年至五十六年，遣重兵驻防归化城（今呼和浩特）、推河（今蒙古国乌里雅苏台东南）、哈密等地，多次击败扰边的准噶尔部首领策妄阿拉布坦。五十七年，以准噶尔军袭扰西藏，策动叛乱，遣侍卫色楞、西安将军额伦特，率兵两路入藏征讨，失利。
旋命皇子允禵为抚远大将军驻节西宁，统筹进兵西藏事宜。又遣兵至新疆巴里坤和阿尔泰（阿勒泰），阻截准噶尔军援兵。五十九年，命允禵移师穆鲁乌苏（今青海杂多西），节制进藏诸军。
命定西将军噶尔弼，与平逆将军延信率军分别由四川、青海入藏，击败准噶尔军，事平，巩固了对西南边疆的统治。六十年，遣福建水师提督施世骠、总兵蓝廷珍率师1.2万、战船600艘， 镇-压台湾朱一贵起义。六十一年十一月十三（1722年12月20日）疾卒，年69岁。
玄烨在位期间，亲自筹划军旅之事，简阅军器；强调国家武备不可一日懈怠，承平之日更需严加训练士卒；督军作战周详熟审，因情用兵，期于必克。史称其经-文纬武，一统寰宇，使清朝开始进入“康乾盛世”。
玄烨是顺治帝福临的第三子，母孝康章皇后佟佳氏时为庶妃，顺治帝生前没有册立太子。顺治十八年，顺治帝接受汤若望的建议，因玄烨出过天花具有免疫力而把他选为继承人，以遗诏的形式册立玄烨为皇太子。顺治十八年正月玄烨即位时只有6岁（虚岁八岁），次年正月（1662年2月）改元康熙。遗诏同时指派索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四大臣辅政。
玄烨8岁丧父（存疑），10岁丧母。母亲重病时，玄烨“朝夕虔侍，亲尝汤药，目不交睫，衣不解带”；母亲病故后，玄烨昼夜守灵，水米不进，哀哭不停。康熙后来回忆说，幼年在“父母膝下，未得一日承欢”。
