慈禧和慈安在返回北京的第二天，就迅速的发动了政变。九月三十日，以皇帝的名义发布上谕，宣布解除肃顺等人的官职。十月二日，抓捕了载垣、端华，避免了他们为肃顺通风报信的可能。十月二日夜，抓捕了还在返京路上的肃顺。十月六日，下旨处死肃顺、载垣和端华。
慈禧处理肃顺一党确实神速而又干练！从九月三十日，至十月六日，仅仅六天的时间，不仅铲除了肃顺、载垣和端华三位主要人物，其他五位大臣也被革职的革职，充军的充军，“赞襄政务王大臣”全军覆没。慈禧、慈安和恭亲王奕訢行动之迅速，措施之得当，让人慨叹：“办理神速，为中外人情所不料，尤有迅雷不及掩耳之势！”
平情而论，肃顺可谓晚清少有的“鹰派人物”。这头猛鹫，拥有两张面孔。首先，肃顺是位不折不扣的权臣。肃之发迹，很有些因缘际会的味道。肃乃宗室后裔，自然享有诸多特权，一出道便任职于侍卫处。不过，他早年秉性顽劣，“好为狭邪游，惟酒食鹰犬是务”
“严冬，（肃）顺盘辫，反披羊皮褂，牵狗走街头”，终日四处游荡，活脱脱一个“风一样的男子”。也正凭借这貌似不堪的市井经历，使他能“习知京师五城诸坊利弊”，加之其“接人一面，终身能道其形貌；治一案牍，经年能举其词”，故屡破大案，升迁颇速。到咸丰即位，肃已坐到礼部侍郎这样副部级的要位。
只是于官场混迹的资本，才干仅占其一，出身、后台、时运也是硬通货。肃顺区区普通宗室一名，既非亲王，亦非郡王，想再往上挪挪窝，实在难如登天。若按常规，再熬上二十载，至多混个正部级退休。
然而，上天却格外给他打开了一扇通往权力巅峰之门。咸丰登基后，一心求治，于是对军机处领导班子做大手术。他先罢黜了误国之臣穆彰阿，接着先后任命赛尚阿、祁寯藻为领班大臣。不过二人俱是守成之臣，难以应对内忧外患之危局。迫不得已，咸丰打破祖制，特命六弟恭亲王奕䜣入值军机。
