他回到自己的封邑，举兵抵抗，结果失败战亡，而后被下令车裂其尸。对于商鞅的死，人们说他是作法自毙。有这样一个故事：当时商鞅准备叛逃秦国，当天晚上他路过一个客栈，他想要投宿，不料店小二就说：“商君有令旅店不能收留没有官府凭证者住宿，否则店主也要连坐。”没有办法商鞅只有继续赶路，于是他被逼无奈准备造反。
简单的来说就是，商鞅变法中为便于管理人员流动，所以颁布法令要求投宿者必须有凭证。可是最后就是因为自己这条法令才使自己车裂身亡。后人延说“商鞅变法，作法自毙”。意思就是自己立法反而使自己受害。泛指自做自受。比喻自己想出的办法，反而害了自己。
商鞅时候，关于他以及他的变法，人们对其褒贬不一。首先，由于独尊儒术的缘故，历史上对于使用暴力手段进行快速改革的商鞅的评价并不是很好，以至于千百年后的人们还蔑称秦国为虎狼之国。司马迁在《史记·商君列传》中，太史公曰：“商君，其天资刻薄人也。
迹其欲干孝公以帝王术，挟持浮说，非其质矣。且所因由嬖臣，及得用，刑公子虔，欺魏将昂，不师赵良之言，亦足发明商君之少恩矣。余尝读商君开塞耕战书，与其人行事相类。卒受恶名於秦，有以也夫！”后人又说：“卫鞅入秦，景监是因。王道不用，霸术见亲。政必改革，礼岂因循。既欺魏将，亦怨秦人。如何作法，逆旅不宾！”
但是也有人肯定商鞅，比如王安石：自古驱民在信诚，一言为重百金轻。今人未可非商鞅，商鞅能令政必行。这是在肯定商鞅的治国方略。”而资治通鉴中说：“夫信者，人君之大宝也。国保于民，民保于信。非信无以使民，非民无以守国。是故古之王者不欺四海，霸者不欺四邻，善为国者不欺其民，善为家者不欺其亲。
不善者反之：欺其邻国，欺其百姓，甚者欺其兄弟，欺其父子。上不信下，下不信上，上下离心，以至于败。所利不能药其所伤，所获不能补其所亡，岂不哀哉！昔齐桓公不背曹沫之盟，晋文公不贪伐原之利，魏文侯不弃虞人之期，秦孝公不废徙木之赏。此四君者，道非粹白，而商君尤称刻薄，又处战攻之世，天下趋于诈力，犹且不敢忘信以畜其民，况为四海治平之政者哉！”
