御医诊断同治的症状是：“湿毒乘虚流聚，腰间红肿溃破，漫流脓水，腿痛盘挛，头颈、胳膊、膝上发出痘痈肿痛。”近年来，历史学界以及医药学界的专家和教授们，对清宫御医们留下的这些《脉案》进行了认真的分析和研究，最终得出这些资料是翔实可靠的，在对同治皇帝的病情发展和用药的情况进行了专门的研究，得出的结果和档案中所记载的一样，“同治皇帝死于天花”。
那为何民间都传说同治帝死于梅毒呢？而据野史中《清宫遗闻》的记载，同治到私娼处，致染梅毒。翁同龢日记云：十一月二十三日，“晤太医李竹轩、庄某于内务府坐处，据云：脉息皆弱而无力，腰间肿处，两孔皆流脓，亦流腥水，而根盘甚大，渐流向背，外溃则口甚大，内溃则不可言，意甚为难。”
二十八日又记：太医云：“腰间溃如椀，其口在边上，揭膏药则汁如箭激，丑刻如此，卯刻复揭，又流半盅。”二十九日再记：见“御医为他揭膏药挤脓，脓已半盅，色白而气腥，漫肿一片，腰以下皆平，色微紫，看上去病已深。”李慈铭日记也记载：“上旋患痈，项腹皆一，皆脓溃。”但他又说：“宫廷隔绝，其事莫能详也。”
据说，当时的同治帝有轻微的淋巴结肿大和下体红肿现象，可他不以为意，也羞于启齿，照样行为诡异地周旋于皇宫和花街柳巷。大约三周左右，病毒已经侵入他的五脏六腑。直到同治十三年（1874）十月二十一日，同治帝驾幸西苑时受凉。
刚开始只是身体有些不适，一两天后病情加重，卧床不起，太医们全体出动，集体会诊，可大家各执一词，难有定论。由于病情恶化较快，御医们必须轮流值守，以备不时之需。十天后的一个午后，同治帝的病情突然加重，四肢无力，浑身酸软，发热头眩，皮肤上出现没有凸起的疹形红点。
慈禧大惊失色，难道是天花？顺治帝因天花而英年早逝，康熙帝因得过天花而被选为皇嗣，清朝对天花已经产生了强烈的恐慌心理。太医不敢言明，其实他们早已明白，这是比天花更可怕的病——梅毒。这种通过性传播的疾病根本没有治愈的可能，而且死相凄惨。
