建文帝登基后，作为叔父的各个藩王更加飞扬跋扈、骄横嚣张。为此，建文帝召集亲信齐泰、黄子澄研究对策，准备削藩。齐泰认为诸王中燕王势大，应先削燕，而黄子澄认为“燕预备久，卒难图”（《明史纪事本末·燕王起兵》），应先削小藩。
建文帝接受了后一种建议，在一年之内先后削去代、周等5个势力较小的藩王，紧接着，就把矛头对准了在北平的燕王朱棣。燕王朱棣是朱元璋的第四子，洪武三年被封为燕王，坐镇北平，节制傅友德等大将出击蒙元，屡立战功，被一些大臣认为“智虑绝人，酷类先帝”，深得明太祖器重。
皇太子朱标早死后，朱元璋曾一度要立他为太子，因遭一些大臣反对而只好作罢。建文帝即位时，燕王朱棣的三个哥哥太子朱标、秦王及晋王已经故去，斗争的焦点在朝廷与燕王之间展开。为防备燕王谋反，建文帝先任命工部侍郎张昺为北平布政使，以谢贵为都指挥使，让他们监视燕王的动静。
同时调兵遣将，随时准备对朱棣采取行动。而朱棣在洞察建文帝的意图后，一面装病装疯，迷惑朝廷，一面暗中布置，随时准备发动政变。建文元年（1399年）七月，朝廷在确知燕王将举兵的具体情况后，下令削去燕王爵位并逮捕王府官员。朱棣设计诱杀张昺、谢贵，举兵起事，很快控制了北平城。
随后，朱棣以诛杀所谓朝廷奸臣齐泰、黄子澄为名，誓师南伐。他废去建文帝年号，自置官署，称其师曰“靖难”。所谓“清君侧，靖国难”也。所以，此次战争被称为“靖难之役”。后来朱棣经过艰难奋战造反成功，无意中创了历史。不过，说来他能成功自身因素很重要，但是偶然因素居多。
首先个人素质问题，军事能力方面，朱棣不用说了，天天追蒙古打出来的高战斗力；朱允炆军事水平基本为零。政治能力方面，朱棣至少他治下的北平等府治理的很好；朱允炆……天天跟着一群儒生商讨着怎么根据《周礼》更定官制，真不知道他到底在想啥。
此外用人方面，难道朱允炆身边真的没有可用之才吗？其实翻翻史料就会发现，永乐朝的不少重臣，如夏元吉、胡广、杨荣、解缙等人，都是在朱棣靖难攻入南京之后归附朱棣的，这些人的个人能力都很强，但在建文朝就是没发挥出来。
