883年4月，黄巢逃出长安之时，下令纵火。这座周、秦以来一直作为首都的古城，有一千五百多年的建都史，当时世界最大的百万人口城市，一炬成灰。从此，这座古城即与首都无缘。安史之乱，安禄山没有毁掉长安，吐藩攻入长安，市区略有所损，敢冒天下之大不韪彻底毁掉长安的古往今来只有黄巢！
更为残忍的是，黄巢在失败前夕包围陈州近一年时间里，采用过机械化方式，将活人粉碎，以人肉作军粮，供应他围城部队，以保证他起义军的战斗力，也是前无古人，后无来者的规模。其骇人听闻的程度，既是中国之最，大概也是世界之最。黄巢所过之地，百姓净尽、赤地千里。
《旧唐书》记载：黄巢率领全军围陈州近一年，数百（一说三千）巨碓，同时开工，成为供应军粮的人肉作坊，流水作业，日夜不辍。将活生生的大批乡民、俘虏，无论男女，不分老幼，悉数纳入巨舂，顷刻磨成肉糜，并称之为“捣磨寨”。
陈州四周的老百姓被吃光了，就“纵兵四掠，自河南、许、汝、唐、邓、孟、郑、汴、曹、徐、兖等数十州，咸被其毒。”黄巢拉起的队伍，在行军作战中病死、饿死、战死的总数至少在一百万人以上。他带进长安的几十万人，大部分是饿死的。在黄巢起兵时，中原本是一个人口稠密的地区，到了他败死之时，这里已是纵横千里，全无人烟，一片焦土。后来，黄巢弃城逃跑到山东狼虎谷时，只剩下残兵一千余人，黄巢走投无路，众叛亲离，自杀身亡（一说被他外甥林言所杀）。
纵观这位农民领袖大规模“吃人不吐骨头”行径，其野蛮，残酷，恐怖，骇人听闻，岂能给他冠以“起义领袖”来美化他。历代农民铤而走险，反抗强大的统治者，起义军的头目，无不残忍野蛮，无不杀人无算。但是，像黄巢以人肉为粮糗的恶行，绝非一般意义的战场上的较量，而是人性灭绝的屠杀。黄巢起兵还引发了拥兵割据的藩镇遍布全国，此后就出现了五代十国的乱世。
但关于黄巢以人肉做干粮的事情有人怀疑他是背了秦宗权的黑锅。《旧唐书 黄巢传》记载：五月，巢贼先锋将孟楷攻蔡州，节度使秦宗权以兵逆战，为贼所败。攻城急，宗权乃称臣于贼。遂攻陈、许，营于溵水。陈州刺史赵犨迎战，败贼前锋，生擒孟楷，斩之。黄巢素宠楷，悲惜之。
