因为他是将人活生生的放到米舂里（“贼有舂磨砦，为巨碓数百，生纳人于臼碎之，合骨而食，其流毒若是”），但是我们平时吃鸡吃猪都需要清楚内脏，因为内脏大肠含有粪便，会滋生细菌。如果将如此众多的人活活舂死，那么不出一个月，他的大军就要被瘟疫击溃。唐军也会乘机返扑，因为这是唐代藩镇建立功勋的机会。但是黄巢围困陈州将近一年，说明这种此人方式是不成立的。但不排除个别吃人现象。
而关于黄巢最后的结局，一千多年来一直引起人们的极大关注。黄巢究竟是被杀还是自杀，或者是逃脱后当了和尚，人们十分热切地盼望学术界有一个明确的说法。然而直到今天，学术界的意见仍然无法统一，几种说法都有事实依据，难以速下一个定论，所以黄巢的最后下落仍然是个历史之谜。
有一种看法认为黄巢是兵败被杀的。这年的六月十五日，黄巢义军被唐军追至山东瑕丘（今山东兖州），黄巢与唐军殊死激战，手底下的士兵几乎全部战死，黄巢与其外甥林言退至泰山狼虎谷的襄王村。这时，林言见大势已去，想保住自己的性命，乘机杀了黄巢及二弟邺螂、黄揆等七人。
林言拿了黄巢等人的首级打算向唐军将领时溥献功，在路上却遇到了一支唐军，他们杀了林言，将林言和黄巢等人的首级一并献给时溥。根据这种说法，黄巢是兵败被外甥杀死，资料的主要来源是《旧唐书》，今人的一些著作也采用这种说法。
第二种观点认为黄巢是自杀而死的。宋代欧阳修《新唐书》说时溥派将领李师悦领兵万人尾追义军不舍，在瑕丘一战，黄巢身边人马丧亡殆尽，退至狼虎谷。黄巢感到自己无路可走，遂对外甥林言说：“我本想讨伐奸臣，洗涤朝廷，但现在看来已经不行了。
你如果拿了我的首级献给唐朝皇帝，一定能因为奖励取得富贵，这个好处就不要留给他人了。”言毕，黄巢转过身来等待林言动手，然林言实在下不了手。见林言没有动静，黄巢就举剑自刎，但割了几下并不成功。林言不忍心看到黄巢这样痛苦，进一刀将黄巢杀死，并将黄巢的几个兄弟和妻子的首级—一割下，全部盛在盒子里，打算献给时溥。
半路上碰到唐军，林言自己也被杀身亡，至于好处，根本就没有拿到。司马光编《资治通鉴》时也看到了这类讲法，但没有直接采用，而是放在《考异》中。他看到的书叫《续宝运录》，内容大致一样，但黄巢外甥的名字成了朱彦。
