商鞅在推行新法过程中，完全靠的是秦孝公的支持。而且法家的措施并不注重礼乐的作用，而一味任用重刑酷法。变法使秦国富强，最终灭掉六国，结事了战国列国纷绉的局面，便是他的弊端最后也把秦朝推向了绝路，使秦朝历二世就骤然灭亡。
商鞅本人在变法过程中得罪了公子虔等人。公子虔在第二次违法时，商鞅把他处以劓刑，就是割去了鼻子。公元前338年，秦孝公去世，太子驷即位，即秦惠王。公子虔等人告发商鞅“欲反”，秦惠王下令逮捕商鞅。商鞅逃亡至边关，欲宿客舍，客舍主人不知他是商君，见他未带凭证，告以商君之法，留宿无凭证的客人是要治罪的。
商鞅想到魏国去，但魏国因他曾生擒公子卬，拒绝他入境。商鞅回秦后被迫潜回封邑商，发动邑兵攻打郑县（今陕西省华县）。秦惠文君派兵攻打，结果商鞅失败战亡。其尸身被带回咸阳，处以车裂后示众。秦惠文君同时下令诛灭商鞅全族。商鞅虽然被害，但新法并未被废除。传说商鞅的妻子是荧玉，秦国公主，秦孝公妹，后与商鞅成婚。而另一种写的是商鞅的妻子史无记载，但是他们的下场是被司马迁记下来的，他们都与商鞅一起被杀，商鞅是断子绝孙了。
商鞅是死了，但是后人对他的争议远没有结束。商鞅是法家行政的代表人物。商鞅的新法，也是法家以严酷的政治原则行政的标本。明代学者张燧《千百年眼》曾经夸奖他：“（商）鞅一切不顾，真是有豪杰胸胆！”然而，商鞅对于文化的冷漠，也长期受到了历代文化人的批判。而儒家学者对他的批判，是不可以看作门户之见而予以轻视的。东汉史学家班固曾经说，商鞅是用“三术”说服了秦孝公，才取得成功的。
又说，商鞅是周王朝末年的一大“凶人”。“凶人”的说法，是有情感色彩的，是有道德倾向的。“三术”的说法，大概比较客观。那末，什么是“三术”呢，按照东汉学者应劭的解释，是“王”、“霸”和“富国强兵”之术。这样看来，如果说商鞅有“理论”的话，他的“理论”，应当是以这种“术”作为结构主体的。
