然而明成祖的命令虽然强大，却限制不了外国的记载。洪武二十二年，朝鲜使臣权近曾在北京拜见了燕王朱棣，后来权氏著有《奉使录》记载了这件事，其中写到了成祖生母的忌日是七月十五日，而马皇后的忌日却是八月初十，以此论断，朱棣的母亲显然不是马皇后。
在清人朱好阳编纂的《历代陵寝备考》中有记载，“后生懿文太子、泰王樉、晋王桐、成祖、周王”。这里说得十分清楚了，朱棣为朱元璋与马皇后所生的第四个儿子。这一说法，来源于明朝当时的史书，如《太祖实录》、《太宗实录》、《靖难事迹》、《玉牒》等。
《靖难事迹》中有相同的文字：“高皇后生五子，长懿文皇太子，次秦愍王挟，次晋恭王桐，次上，次周定王。”朱棣更是亲口说过，他的母亲是皇后马秀英，“每自称曰：‘朕高皇后第四子也’”。但也有秘史称，马皇后根本就没有生育能力，一世无子，正史上记载的包括太子朱标、燕王四子朱棣在内，几个儿子都是别人所生。马皇后采用了过去皇家最惯常的手法，把别的妃子所生育的孩子据为己出，是一出明版“狸猫换太子”。这种说法，为朱棣的生母之谜平添了一份神秘。
称李氏为朱棣生母不少人很相信，认为证据很充分。《南京太常寺志》有这样的文字：“孝陵祀太祖高皇帝、高皇后马氏。左一位淑妃李氏，生懿文太子、秦愍王、晋恭王；左二位皇妃，生楚王、鲁王、代王、郢王、齐王、蜀王、谷王、唐王、伊王、潭王；左三位皇贵妃，生湘献王、肃王、韩王、沈王；左四位皇贵人，生辽王；左五位皇人，生宁王、安王；右一位碽妃，生成祖文皇帝。”
太常寺为皇家机构，《南京太常寺志》自然算是皇家文字，其记载应该有很高的真实性和可信度。明人沈玄华在《敬礼南都奉先殿纪事十四韵》中有：“高后配在天，御幄神所栖。众妃位东序，一妃独在西。成祖重所生，嫔德莫敢齐。”因此，包括当代著名历史学家吴晗先生在内，都深信朱棣的生母为“碽妃”李氏。
可是这位碽氏的命运后来挺凄惨的，传说她生下儿子后便被赐自尽了，而且还曾受到过铁裙之刑。这种刑罚从字面上看，就是穿铁裙子。究竟什么是铁裙之刑，我们现在也不得而知了。总之碽氏真的是很可怜，她为朱元璋生了两个儿子，死后却什么名分都没有，显然属于非正常死亡。看起来朱棣的身世还真有些悲剧色彩。
