但是事情一旦处理完毕，他就会来一个一百八十度的大转变，脸也拉长了，声音也变粗了，总是对朱元璋挑三拣四，稍有不满就会厉声责骂，还常常因小事就会把朱元璋关进柴房不给饭吃。每当这时，总是马氏从中调解，设法保护自己的丈夫。她拿出自己的私房钱送给郭子兴的小妾张氏，请她帮忙说好话，缓和翁婿矛盾。
朱元璋在柴房关禁闭，没饭吃，马氏总是设法偷一些刚出锅的烧饼揣在自己怀里带给朱元璋，当她有次从怀中掏出烧饼时，烧饼竟然还是滚烫的，她胸前的皮肤都被烫伤了。后来她跟随朱元璋在军中时，因为粮食紧张，平日里就积攒一些蔬菜、肉食和粮食，想方设法的让朱元璋能吃上饭，而她自己却饿着肚子。这些事情使朱元璋感念至深，就是当了皇帝之后，也常常向群臣提起，总是说如果马皇后的细心照顾，自己不能活过那段艰难的时光。
在行军作战中，马皇后也是朱元璋的贤内助。她率领军中将士的妻子搞好后勤工作，拿出自己的积蓄慰劳将士。特别是在一次战斗中，朱元璋受了伤，陷入敌人的包围之中，马皇后不顾自己的安危，假扮成村姑混进敌阵把朱元璋背出重围，教了丈夫一命。这可不是有一双纤纤小脚所能做的事。
朱元璋当上皇帝后，立马氏为皇后，统领六宫。在十年的宫廷生活中，马皇后严于律己，并设法规观朱元璋少犯错误，是少数几个能劝阻朱元璋的人之一。朱元璋一向禁止后妃干政，马皇后不但不让自己的族人出任官职，甚至还拒绝了朱元璋为了补偿她而给予族人的赏赐。在她的影响下，洪武年间从没有滥封过公爵。
马氏贵为皇后之后，却仍然在料理朱元璋的饮食，除了她认为妻子应该亲手服侍丈夫之外，也为了防止丈夫因为饮食不合口味而降罪他人，滥杀无辜。也总是劝朱元璋要赏罚公平，不能只凭一己一时之喜怒而制罪于人。在对待朝臣的问题上，她劝朱元璋要礼贤下士，尊重朝中大臣，这些举措使朝中内外之人均赞不绝口。
马皇后却能经常在朱元璋耳旁提醒他“定天下不以杀人为本”、“夫妇相保易，君臣相保难”、“虽帝性严，然为缓刑戮者数矣”。洪武十三年，胡惟庸案发，太子的老师宋濂的孙子也牵连在内。朱元璋就下令捕杀已经告老还乡的宋濂。马皇后知道此事后，命人摆了一桌素食请皇帝进膳。
朱元璋觉得很奇怪，就问：今天为何要吃素？马皇后正色道：老百姓家请先生都能相敬始终，宋先生多年教导诸皇子，他已退休住在老家乡下，也许对他孙子的事并不知情，现在却要被处死，我得为他吃素祈福！朱元璋听后也觉得有道理，虽然掷了筷子离席而去，但终于改变主意，免宋先生一死，改判流放四川。
