朱元璋定都南京后便下令修建南京新城墙。新城墙共长48千米，城墙上可容4辆马车并排奔驰。朱元璋认为这样就可以保证他的子孙世代无忧了。此时，江南巨富沈万三向朱元璋主动提出愿赞助建城墙经费的三分之一，不允后又提出赞助劳军经费。朱元璋却认为一个小小百姓居然富可敌国，是国家不祥之兆，遂下令逮捕沈万三并要杀他。马皇后劝他道：刑罚是惩办不法之徒而不是惩办不祥之兆，所以杀沈万三是不合法度的。朱元璋接受了这番劝告，便改判沈万三流放云南。
朱元璋办太学培养人才，每年还亲自去太学参加祭孔典礼。有一回，他从太学回宫中，马皇后问道：太学里有多少学生？朱元璋说：有好几千吧。马皇后高兴地说：真是人才济济啊！这些学生都有俸禄供奉，他们的妻儿却依靠什么来度日呢？您还不如给他们的妻儿也发一份俸禄，使这些太学生免除后顾之忧。朱元璋觉得这个建议很好，便下令建立“红板仓”，专门储存粮食供给太学生的家属。
1382年（洪武十五年）五十二岁的马皇后病逝。临终嘱咐朱元璋“求贤纳谏，慎终如始”，并愿“子孙皆贤，臣民得所”。在马皇后死后朱元璋立誓此后不再册封皇后，足见朱元璋与马皇后感情之深。朱元璋常将马皇后的贤德与长孙皇后相提并论，她们的确可以先后媲美。
那么她又为朱元璋留下了哪些子女呢？史学界，对于马皇后为朱元璋生了几个孩子一事，一直没有下一个定论，因为明清两朝的许多史料对此事的记载都有不同的看法。根据《明史》记载，马皇后一生共生下了五个儿子和两个女儿，其中嫡长子朱标是明朝第二位皇帝惠帝朱允炆的父亲，而第四子是第三位皇帝成祖朱棣。
《明史》是二十四史的最后一部，也是公认其中最完善的一部。二十四史是历朝历代的最正统的史书，因此《明史》对马皇后子女数量的记载具有很高的可信度。然而，除了正史的记载，马皇后死后的明清许多人在他们的书中都对此事抱不同看法。
有人断定，马皇后只有两个儿子，也就是最小的两个，包括了朱棣；有不少人认为，马皇后只生过两个女儿而没有儿子，朱棣是别的嫔妃所生；也有人干脆判断，马皇后一生从未怀孕，史书上所说的子女都只是她抚养长大而已。这些提出质疑的人，大多是在史学方面颇有研究的专家学者，而且他们基本上不是无端猜测，都有自己的依据和史料。
所以，对于马皇后到底生了几个儿子，史学界才如此众说纷纭。不过五个儿子中，朱棣不是马皇后的儿子的可能性极大。因为朱棣在侄子惠帝在位时，发动靖难之变最后起兵夺了他的皇位，称帝后朱棣需要一个嫡子的身份来证明自己的正统性，所以他可能之后修改了历史，欺瞒了世人。
