刘秀又派冯异联合邓禹继续攻打赤眉，被赤眉耍了个小计策，又输了，而且这次败的连开裆裤就丢了，邓禹只带了24个人跑回河北。虽然邓禹打仗没有那么牛，但是刘秀还是一如既往的信任，至于原因，主要是因为邓禹是从小就跟着刘秀一起混，从一起读书到一起打仗，邓禹被刘秀认为是自己的心腹。当时跟着刘秀打仗的大部分将领都是在河北，和真定王刘扬结盟后加入的。只有邓禹才是刘秀的嫡系。
公元37年（建武十三年），天下平定，刘秀加封功臣，封邓禹为高密侯，食邑高密﹑昌安﹑夷安﹑淳于四县。光武帝因邓禹功高，又封其弟邓宽为明亲侯。后来左右将军的职衔撤销了，按特进朝见皇帝。邓禹内尚文明，行为忠厚淳朴而且周密，服事母亲非常孝顺。天下已经平定，常常想疏远名势。有子女十三人，让他们各掌握一门技艺。整饬家规，教养子孙，都可以成为后世的楷模。一切用度都取之于封地赋税，不修私产不谋私利。因此刘秀更加尊重他。
建国后很多功臣都居功自傲，生活开始腐化堕落，比如一度让刘秀头痛的“度田事件”就牵涉到二十八宿中很多人，二十八宿中的刘隆还牵连下狱。相比起来，邓禹的人品要高尚很多，毕竟是读书人出身，他淡泊名利，待人敦厚，孝敬父母。天下已定，常思远离名誉和权势。邓禹还教子有方，他有十三个儿子，他不引导他们高官厚禄、追名逐利，而是让他们各掌握一种安身立命、养家糊口的技艺。
他修整家庭伦理，教养子孙，食封邑，不置产业。后来，他的子孙皆称名天下。邓禹曾说，吾将百万之众，未尝妄杀一人，其后世必有兴者。”汉明帝刘庄即位后，因邓禹是先帝元勋，拜为太傅，朝见时令他东向站立尊如宾客，甚见尊宠。居岁余，卧病，刘庄几次亲临问候。公元58年（永平元年），邓禹去世，享年五十七岁，谥曰元侯。
