申时行的担心不无道理，很快京城流传一张大字报，说内阁大学士许国指使蔡系周、孙愈贤弹劾李植，此时斗争的方向发生了变化，情况更加扑朔迷离。首先此时的内阁大学士大多是在张居正主政期间曾经弹劾过张居政的人，所以此案跟张居正已经失去关联，它要么是有人故意将此案跟许国联系起来，要么就是江羊李弹劾蔡孙的最终目标是对着许国来的。
事实证明的确是如此，因为随后江羊李又开始弹劾申时行，原来他们想将首辅申时行、次辅许国拱走，让他们的老师三辅王锡爵担任首辅，很快申时行抓住他们的把柄，迫使皇帝将三人连降三级，贬谪外地。
万历十二年的这场惊心动魄的政治斗争依靠老道的申时行一举打垮了江羊李的嚣张气焰，它直接结束了关于张居正的一切争论，也保护了跟张居正有关联的一大批官僚，安定了人心。
万历第二个十年的形势对于申时行来说依然艰难，严嵩的下场使得他不敢跟皇帝保持一种亲密的合作关系，张居正的下场也使得他不敢有所作为、有所担待，他需要在皇帝与群臣之间保持一种平衡，皇帝也需要他和他的内阁班子充当自己跟低级官僚之间的一种缓冲地，这种平衡点的把握对于申时行来说是艰难的，稍微不慎，就会遭到参劾而丢官。
任何高高在上者和既得利益者都会遭到全体官僚的敌视，而对于低级官僚的利益却是任何人也触碰不的，参政的群体日益扩大，舆论权日益下移，这些都会将我们的帝国带到灾难的深渊。所有人都开始小心翼翼，决策的制定更加复杂，任何一项政策执行起来将更加艰难。皇帝和内阁不再信任低级官僚，低级官僚也不再信任皇帝和内阁，我们的帝国不仅进入文官政治的时代，更是进入低级文官政治的时代。士大夫们表面看起来意志坚决，实际上精神涣散；我们这个庞大的帝国表面看起来强大而威严，实际上步履蹒跚。
士大夫们阵营分明，所有人都将成为君子或小人，一些鸡毛蒜皮的小事情牵连起来也会引起大的政治动荡，首辅的倒台更是家常便饭，文官们的攻击也需要多轮较量后才能够看清他们的真实目的，在这些过程中即便是皇帝也常常被其迷惑，跌入彀中。
当申时行取代张四维成为首辅后，他力图取得一种平衡，他试图在文官中维持一种无可争议的形象，但事实表明这根本就是徒劳的，没人会同情他，正如没人会同情皇帝一样。
有人说朝中有些人在张居正当国期间无所作为，接着就有人弹劾吏部尚书杨巍、礼部尚书沈鲤，说他们不应该事事都听内阁的，随后又因为万历的陵墓问题弹劾主办者徐学谟，最后又弹劾高启愚，所有这些被弹劾的人都跟申时行有着或多或少的联系，他们的目标仍旧是指向这名首辅，一旦皇帝受理了对这些官僚的弹劾，那么下一步弹劾的矛头就会直指这位首辅。皇帝是清醒地，他知道这些文官们想干什么，皇帝及时地一耳光扇趴了这些烦人的伪君子们，他深刻的知道到了这个时候，他必须要维护申先生的清誉，否则在这个帝国无人再敢替自己做事。
万历十四年顾宪成进京述职，王锡爵跟他谈到了当今的官场特点，王锡爵笑着说：“你知道吗？现在官场有一个奇异现象，庙堂认可的，外间必然反对；庙堂否定的，外间必定认可。”
