说完，顾宪成立即说道：“我也听说官场有一奇异现象，外间认可的，庙堂必定反对；外间反对的，庙堂必定认可。”说完两人相视大笑，在这种笑声中，两人互相鄙视对方。万历十四年王顾的这段对话永载史册，它实际上通过大明官场高层与底层对立的一种现象来昭示官僚们对团体利益的看重性，在这里没有是非曲直，只有利益。
万历十年以后的形势就是如此，申时行夹杂在这种沉闷的氛围中动弹不得丝毫，他的任何调和皆被群臣认为是虚伪的举动，所有的人都臆想他跟皇帝有什么勾结。这的确是一件可笑的事情，儒家理论将君臣定义为五伦之中的首位，到如今，忠君爱国却需要遮遮掩掩。事情到了这一步，已经无人可以拯救这个帝国。
从万历十四年开始，申时行感到更加的步履维艰，一方面是皇帝渐渐的对上朝、经筵感到厌烦，另一方面是随着郑贵妃产子，明王朝最大的危机突显出来。
皇帝经常抱怨头晕、眼花，四肢乏力，有一次皇帝对申时行说道，自己近来肝火旺盛，用了凉药，谁知凉药将火压到了脚底，导致脚底发痒，然后又挠破脚底，导致行走不便。每当这个时候，申时行总是劝慰皇上多注意身体，以国事为重。
万历十八年，甘肃副总兵李联芳亲率队伍冒进出击蒙古火落赤部全军覆没，消息传来朝廷上纷纷扰扰，隆庆年以来形成的边疆和平局面又将摇摇欲坠。人世间点火就冒泡的人多，冷静分析全局的人少，大明王朝三百年来绝大部分的战争都是不冷静造成的，杂七杂八的意见堆积起来，再加上决策者对于形势的不明，从而酿成了帝国总动员。
对于此事申时行有着冷静分析，蒙古人没必要找大明朝的麻烦，俺答时代对于贡市有着铁了心的依赖，但西北有两个部落卜失兔、火落赤，东北有个部落插汉部总是跟明朝摩擦不断，这非黄金家族所能控制的事情，而且卜失兔、火落赤还经常跟回部和藏部相互仇杀，而边疆的明军往往又牵扯其中。
正因为申时行了解到到这些关系，所以他才劝皇帝冷静处理，结果平息了一场可能产生的冲突。在申时行担任首辅的期间内，许多事情就是这样在摇摇晃晃中解决了，但有些事情可以将就着过，有些事情就不能将就着过。
从万历十四年开始的国本之争才算是真正在申时行头上套上一个紧箍圈，随着争论的升级，这个紧箍圈只会越来越紧，而不会越来越松，万历十九年的密揭事件终于终结了这位首辅的政治生涯。对此我们已经无法再说出什么，帝国的命运跟人的命运一样在这个纷纷扰扰的16世纪晚期随波逐流。
56岁的申时行回到了自己的家乡，按理说此时正值壮年，但他却过早的结束了自己的政治生涯。回到家乡苏州后，申时行又度过了23个春秋，这23个春秋是在江南靡靡细雨、丝竹软语中度过，虽然他待在中国最好的地方，享受着16世纪地球人最好的生活方式，但他的内心仍旧纠结于那些过去的往事之中。
从申时行留下的《赐闲堂集》中我们可以看见这位首辅的内心并不平静，我们可以捕捉到这位首辅心中所留有的那种深深遗憾。23年来的几乎每一日，他都在对往事的追索中度过，自己有哪些事情没有做好，自己当时应该怎么做。
我们无法否认的是申时行一生最大的功绩就是在万历十二年及时将帝国从关于张居正的一切争论中拉了出来，避免更多的人事动荡，万历十二年皇帝精神焕发、神采**，但仅仅时隔两年皇帝就发现自己想做的任何事情都做不了的时候，那个鼓满气的皮球立刻泄了气。虽然申时行也不断后悔未能让皇帝成为一个有为的君主，但这是皇帝本身的问题，还有体制的问题，岂非申时行所能掌握。
尽管黄仁宇将申时行的不作为解释成时代的因素，尽管黄仁宇对申时行的尸位素餐一再进行辩护，但我们无法否认的是正是因为申时行的无能，让整个万历朝的第二个十年向更坏的方向滑去。他既不能力劝皇帝早立太子以安人心，也不能压制群臣还帝国一个朗朗乾坤，更不能为皇帝选拔一批能用的人才。
我所说的这一切并非毫无根据，因为在申时行之后，王锡爵的一封措辞激烈的奏疏竟能逼迫皇帝让长子出阁读书，后世的魏忠贤也能够压制群臣，为国家的利益考虑。这些饱学的大儒反而不如一个出身底层，没受过教育的太监有大是大非观念，儒家的桎梏在这里又一次显露无疑。
从这个角度出发，张骢的嚣张或者张居正的跋扈，刘瑾的擅权抑或魏忠贤的独裁，从根本上说不容于文官制度或者儒家宪法，但是却有利于这个帝国。因此，用“失败”一词来对申时行进行总结，我认为是恰当的。
